但是，由于美苏对中国政府的认同不一，在邀请国共哪一方出席旧金山会议的问题上双方发生了争执,美国不承认中华人民共和国政府，主张由台湾蒋介石政府参加和会，这遭到了苏联政府的坚决反对。眼看旧金山会议有搁浅的危险，美国为了早日实现其扶日的目的，竟然置中国作为主要战胜国的权益于不顾，借口盟国对中国政府的认同有分歧而单方决定不邀请中国代表出席旧金山和会，主张中国应在会外与日本单独缔结和约，对于将由中国哪一方与日本缔约，美国强调应由日本去决定。

这种把中国排除在对日和约谈判之外并且给予日本选择缔约对象权利的做法，使中国在对日和约问题上失去了主动地位。中国海峡两岸对美国无视中国权益的作法均表示了强烈的反对,蒋介石随即中国被拒绝参加对日和约签字，乃破坏国际信义之举，政府决不容忍。

周恩来外长同样代表新中国政府对此提出了抗议，指出旧金山召开的对日和约会议，背弃了国际义务，中国不予承认。

然而，美国当局不顾中国方面的强烈抗议，一意孤行召开了有五十二个国家出席的旧金山会议，并操纵会议通过了对日和约。

旧金山和约是很不公正的条约，它把对日作战的起始时定为1941年12月7日，从而抹杀了中国人民自1931年9月18日起，特别是1937年7月7日至1941年12月7日这几年对日寇的单独抗击的历史。

同时，和约在赔偿问题上极力宽大日本，只是泛泛地规定：日本国对战争中造成的损害及痛苦，将向盟国支付赔偿。

对于具体数额根本没有提及，同时对战胜国的赔偿要求作了原则上的限制：即只能利用日本人民在制造上打捞上及对各该盟国的贡献的其他服务上的技能与劳作，作为协定赔偿各国修复其所受损失的费用，而且必须在日本可以维持生存的经济范围内进行。

这种重重限制的赔偿规定就是以日本人的劳务充作赔偿，实际上是变相减免日本的战争赔偿，与1945年盟国赔偿委员会作出的加重赔偿的原则是相抵触的。因而遭到了亚洲欧洲正义国家的反对。除了中国朝鲜越南未被邀请赴会外，缅甸和印度拒绝出席会议，而出席会议的苏联捷克斯洛伐克和波兰会后拒绝签字。这样，由于中印苏等国的抵制，当时世界上有一半的人口是不承认旧金山和约的。