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荷兰人刚抵达东印度时，奉行的政策是联合本土势力盯着西班牙、葡萄牙人猛打。但随着他们在东印度介入的越来越深，也不可避免地走上了如今的帝国主义道路。

荷兰人在没有竞争对手的情况下成为殖民力量。在欧洲和亚洲部分国家，联合东印度公司表现的像那个时代的大型私人公司一样行事，但在东印度群岛，它已经发展成一种特殊的混合结构。部分是公司，部分表现成一个海上强国。公司需要承担的国家义务，与它作为上市公司需要用短期利润支撑股价和投资人信心，这两者目标之间不可能避免出现了巨大裂痕。实际上，这种矛盾贯穿了东印度公司的一生。在大部分时间里，东印度公司的股价4倍于新股发行价，公司股票和债券是荷兰最热门的投资标的，没有哪位总座能承担利润降低，股价大幅下跌的后果。

联合东印度公司在亚洲大肆扩张的结果之一，是形成了规模庞大的管理机构。公司下属的各个殖民地经营和管理机构必须有能力应付比贸易复杂的多的军事、政治和外交事务。管理公司治理下的土著民众，维持同亚洲各国的关系及组织防御、进攻的军事组织都是公司雇员任务的一部分。

整个荷兰东印度帝国的最高管理机构是东印度群岛委员会。公司总座是委员会的召集人，但一般的总座并没有绝对权力。尽管总座是委员会主席，却不被允许不受委员会控制地独立做任何重要决定。

总座权力大小取决于他在阿姆斯特丹的政治资源，取决于他个人的奋斗，也取决于历史的进程。自1610年至今的31年，东印度公司在亚洲经历了八位总座，让皮特埃茨科恩与安东尼范迪门是权力最大的两位。如果不算科恩之前的三任，从巴达维亚建城算起，东印度公司经历了科恩、彼得德卡彭蒂尔、科恩（二次就任）、雅克斯派克斯、亨德里克布劳威尔、安东尼范迪门，共5位领导人。这个历史时段的东印度公司总座没有庸才，其余几位的功绩可能不及科恩与范迪门耀眼，但依然在公司的扩张与征服中做出了水准之上的贡献。

总座之下的二号人物是全面管理公司在亚洲贸易的总干事。科恩与范迪门在就任总座之前，都曾担任过总干事一职。强势的总干事，某些时候可以与总座分庭抗礼。

理论上，其余五位委员的职司并不固定，一般有首席簿记员、司法评议会主席、军队司令、商船队管理和其他分管业务等。司法评议会主席的一项重要工作是给城内的欧洲人证婚。但由于委员经常会出现去职、病亡等情况，满员的时候并不多，也会出现交叉任职现象。

在委员会做任何决定之前，必须要有7张正式的选票，如果在职的委员没有7个，投票权往往会移交给所谓的“特别”委员。如果碰到特别重要的问题，总座有时会派船前往涉事殖民地去征集一张他们的选票。这7个委员之间的协作与分歧往往取决于他们各自代表的家族、势力和个人品质。

东印度公司在亚洲的生意分为三种，一种是通过“自己征服获得的贸易”，如巴达维亚、班达和台湾。第二种是基于公司与本地国家“签署的排他性合约”项下的贸易，如与香料群岛的德那地苏丹国；第三种是基于商业合同下的贸易，如暹罗、日本、印度，在这种地方公司没有任何特殊地位，也不能强制执行任何文件和法律。

这三种情况并不是一成不变的，也有很多介于三种典型之间的情况出现。让人尴尬的是，公司在自己征服获得的贸易项下，利润是最低的，像巴达维亚本地贸易和台湾，长期处于亏损状态。军事和战争导致公司在这些地域负担的义务过重。

公司毫无特权的日本和印度，则提供了最大的利润来源。在那里，荷兰人只要闷头做生意，不需要考虑打仗和其他乱七八糟的东西。

同样的原因也导致了英国东印度公司在安汶大屠杀之前，一直只想安静的贸易，没有与任何当地国家交战的想法。

基于不同的贸易类型，荷兰东印度公司在分支机构的设置上也颇有不同。在巴达维亚、马六甲、班达和台湾，荷兰人是纯粹的征服者，这就要求在这些地方设置类似地方政府的机构，并派驻军队。

1640年前后，安汶、班达、摩鹿加群岛、科罗曼德尔海岸的奈格帕特南、锡兰和马六甲，是公司六个最重要的分支机构，巴达维亚在这里派驻有行政长官。在孟加拉、苏拉特和波斯，公司设置有贸易主管。在万丹、日本和帝汶岛是驻扎官或是首席干事。

地方也仿造巴达维亚的权力结构，地方首长与一个委员会共同负起管理责任。地方首长是委员会主席，其他包括有分管贸易的商务员、军事指挥官、首席簿记官和司法部门的最高官员，检举人或者检察官。当然，在实际运行中，情况也往往会发生变化。

荷兰东印度公司在亚洲设立了一个人数也许不多，却很全面很正规的官僚机构，每日间都充斥着有趣的官僚游戏。

在这一点上，英国人就要灵活的多。英国东印度公司在亚洲就没有太复杂的官僚机构。英国人的薪水待遇也普遍高于荷兰人。并且公司董事会允许职员在公司的生意中跟投，在船上主动分出部分吨位供员工使用。英国人认为这能有效激发员工的工作热情，将员工的利益与公司捆绑在一起。

荷兰人则恰恰相反，董事会严禁员工以权谋私。这反倒造成了贪污与走私在亚洲盛行。山高皇帝远，阿姆斯特丹派人到巴达维亚路上得花8个月，倒霉的时候，还得花上18个月。荷兰人的航路缺少补给点，除了在英吉利海峡可能遭遇到敌国舰队，他们在路上还要经过三段危险的航程。第一段在几内亚湾附近，他们只能在很狭窄的“小航道”上行驶。一旦偏离航道，要么被洋流卷进危险的几内亚湾，要么被冲到美洲海岸。第二段在好望角，经常有商船撞碎在好望角的礁石上。第三段是绕过好望角沿咆哮西风带的航程段，也经常病死人。其中第三段航程随着毛里求斯基地的建立，现在情况好了一些。好望角还要等等，南非殖民地建立后会有些好转。几内亚湾则是葡萄牙人的地盘，暂时还无解。

从阿姆斯特丹出发时的整船人在海路死上一半并不罕见。到巴达维亚也只是噩梦的开始，通过海上淘汰的人在抵达亚洲短短时间后又会染上各种热带病，再死掉一批。如果倒霉被派到香料群岛服役，那真是九死一生。

缺乏监督机制，死亡率又高，东印度公司所有人都是在用生命为赌注换取成功的机会。每个贸易主管，每个东印度委员都会想法在公司的商船上夹带个人的生意商品。以公司的生意为代价，谋取个人财富，是非常普遍的现象。阿姆斯特丹派过来的巡视官回去报告说，“对于为整个大家族争取高官厚禄，他们有无法控制的野心和无法阻止的决心。”

荷兰在亚洲的贸易主管经常向国内汇兑与工资相比数额惊人的财富，实在看不下去的公司董事会很是处理了几个人。这又导致很多荷兰人将金钱委托给基友英国东印度公司带回欧洲。

公司的最高权力机构是设在欧洲的董事会，董事会主要由荷兰省与泽兰省控制，但在联省共和国复杂的政治格局中，公司也不能完全忽视其他省的诉求。公司欧洲总部日常管理由一个十七人理事会负责，也就是通常说的“十七绅士”。

遥远的欧洲董事会想法与亚洲管理层面临的实际情况往往有很大不同，强势的总座一般都抱着同一个态度，“祖国的先生们在国内做他们认为最好的决定，而我们按照我们自己正确的判断行事”。