康熙二十二年（1683年），开始重建紫禁城其余被毁部分建筑，至康熙三十四年（1695年）基本完工。清朝入关之后，依照明朝的旧例，顺治帝和康熙帝都将乾清宫作为居住和处理朝政的主要场地。雍正帝即位之后，开始移居养心殿。养心殿位于紫禁城内廷、乾清宫西侧，始建于明朝嘉靖年间。起初，它并不是皇帝的寝宫。清康熙时期，内务府在此设置专为皇室造办宫廷活计的诸多作坊，称“养心殿造办处”。康熙六十一年（1722年），康熙皇帝去世后，即位的雍正皇帝并没有搬到乃父的寝宫乾清宫去住，而是将西侧遵义门内暂时用作为父守孝之“苫次”的养心殿辟为皇帝寝宫。从此，养心殿开始成为皇帝居住和清朝朝政的主要处理地点，此后军机处设立之后办公地点也在养心殿附近。乾隆帝即位之后，对养心殿殿区进行了大规模的扩建和改建，逐渐形成了一定的规制。从雍正帝之后，乾隆、嘉庆、道光、咸丰、同治、光绪、宣统八位皇帝都在此居住。一直到宣统帝被赶出紫禁城。

咸丰帝在位时期，也曾把长春宫与前面的启祥宫（即现在的太极殿）打通，连为一体，咸丰去世后，慈禧也曾在这里居住，一人独享两宫。西六宫到了晚清的时候，慈禧开始改造某些宫殿。因此，西六宫中有四个宫都留下了慈禧的足迹。[12]咸丰帝死后，慈安和慈禧早期垂帘听政时，都曾居住在长春宫，同治十年（1871年），慈安从长春宫搬回钟粹宫居住，长春宫便成为慈禧太后一人独享的宫院。太极殿原来也只是二进院落，咸丰改修长春宫时，将太极殿后殿辟为穿堂殿，使太极殿与长春宫连接成相互贯通的四进院。

宣统三年（1911年）辛亥革命后，紫禁城宫殿本应全部收归国有，但按照那时拟定的《清室优待条件》，逊帝爱新觉罗·溥仪被允许“暂居宫禁”，即“后寝”部分。侍卫人等照常留用；王公世爵仍其旧”等条款。所以依据《清室优待条件》部份条款，加之袁世凯感念旧主恩德，积极扶持，溥仪退位后，帝制虽然被废除，但皇帝溥仪以及原来的皇室大臣等却仍然安然无恙地居住在皇宫里。在皇宫紫禁城内生活期间，溥仪仍旧发布“上谕”，仍用宣统年号纪年，遗老遗少仍行跪拜大礼。宫内依然还保有内务府、宗人府和慎刑司等机构，故臣赠谥，不改衣冠，触犯王法者由慎刑司处治。遂使当时的紫禁城俨然成为“国中之国”。

1917年7月1日，徐州军阀张勋拥立清逊帝溥仪复辟。为了让张勋投降，段祺瑞发动了一切可以发动的力量，其中包括命令BJ南苑航空学校的师生加入战斗，用飞机轰炸紫禁城。在紫禁城内投下三枚小炸弹，以示警告。飞机距紫禁城的高度只有300米，超低空飞行。炸到了紫禁城东六宫当中的延禧宫，使当时的建筑轻度损坏。这被认为是东亚第一次空袭轰炸。

1924年，冯玉祥发动“BJ政变”，将溥仪逐出宫禁，同时成立“清室善后委员会”，接管了故宫。于1925年10月10日宣布故宫博物院正式成立，对外开放。1925年以后紫禁城才被称为“故宫”。随着清王朝的没落，特别是1949年前的38年中，故宫建筑日渐破败，有多处宫殿群倒塌，垃圾成山。

抗日战争全面爆发前夕，1933年，故宫博物院为保护其文物安全，不至遭战火毁灭或被日本帝国主义掠夺，决定采取文物避敌南迁之策，并在南京建立文物库房，成立故宫博物院南京分院。从1933年2月至5月，先后检选出文物、图书、档案13427箱又64包，分五批先运抵上海，后又运至南京。

BJ故宫由明朝皇帝朱棣始建，设计者为蒯祥（1397-1481年，字廷瑞，苏州人）。占地72万平方米（长961米，宽753米），建筑面积约15万平方米，占地面积72万平方米，用100万民工，共建了14年，有房屋9999间半，实际据1973年专家现场测量故宫有大小院落90多座，房屋有980座，共计8707间（注：“此“间”并非现今房间之概念，而是指四根房柱所形成的空间）。