凤阳留守朱国相，指挥袁瑞征，吕承荫听到义军率大军前来凤阳，大吃一惊，他们手中只有三千余官兵，他们只得拼命向负责凤阳守卫的漕运总督杨一鹏求救，杨一鹏的驻地远在淮安，远水一时解不了近渴，守城还得靠他们自己，要命的是凤阳城因为是太祖发家之地，为了不破坏风水，凤阳没有城墙，让三千士兵在没有城墙的地方敌十万人，义军淹也要把他们淹死。

朱国相、袁瑞征、吕承荫三人商议该如何迎敌，吕承荫提议全军撤进皇陵抵抗，凤阳本身较小，而且不富，贼军的目的恐怕也是凤阳的皇陵。

皇陵位于城西南7公里处，在陵墓的外围，有3道城垣，形成3城包裹陵墓的平面布局。由于皇陵地处明中都城的西南，为了使皇陵与中都城连为一体，所以皇陵的3道城门都是以北门为正门，而皇陵也因此是坐南朝北，神道与神路置于陵墓之北。皇陵的第1道城是夯土城垣，周长达28里。

第2道城是青砖砌起的城垣，高2丈，周长6里多，四边开四门，皆有高大的城楼。第3道城是皇城，青砖垒砌，周长75丈。

若官兵能退入第二道城墙防守，或许能撑到援兵到来之际，但朱国相和袁瑞征却反对，朝庭有令，擅入皇陵者死，二人生怕以后就是挡住了义军，也会被朝庭问罪，只进入外围城墙还有借口，若进入内城，非死不可，恐怕还要连累家人。

吕承荫无法，弃了凤阳，和众人先进入第一道城垣，若守不住，再进入第二道城，，高迎祥率众赶到凤阳，果然直奔皇陵而去，三千兵丁分布在一万四千米的土墙上，每隔近五米才有一人，如何能守。虽然官兵拼死抵抗，无奈寡不敌众，根本来不及退入第二道城就已全军覆灭。

义军消灭官兵后，都被凤阳皇陵的气派震憾住了，明皇陵陵墓是椭圆形覆斗式大平顶，高出周围地面五米。陵墓堆土而成，封土堆底边东西长五十多米，南北宽三十五米，陵前北部的金水桥向北，有长二百多米、宽六米多的神道，两旁对称排列着雕琢精美的三十二对石像。

高迎祥等人就如土包子进城，看得啧啧称奇，不亏是皇陵，建得比一座城池还要好多了，赫摇旗粗声粗气的道：“天王，朱家的子孙就知道骄奢淫逸，全是从他们祖上传来的，一座死人墓修成这样，不如一把火烧了。”

高迎祥点了点头，众人都是穷人出身，对官府本就没有好感，见了如此精美的陵园，想起自已以前的窘迫的生活，心中自然充满忌妒，自己得不到的东西，放火烧了最好。

有心急的人马上就要点火，牛金星连忙拦住，指了指地下道：“天王，下面的皇陵还没有挖，现在可不能放火。”

高迎祥恍然，马上命令众人挖开寝陵，果然得到金银珠宝无数，取出各种财宝后，义军把寝陵中的尸骨也抛了出来，和官兵的尸体混在一起，一把火烧了个精光。崇祯后来就是想找到祖宗的尸体重新造坟也不成了。

十数天后，官兵增援部队才到达，义军早已从容而去。

消息传到北京，朝庭一片哗然，崇祯掩面而泣，自道无颜见祖宗，众臣都惶恐不安，这突然而来的恶耗打乱了原来的所有安排，崇祯命令暂停经筵，自己换上黑色的袍服，从乾清宫搬到偏殿，以示哀痛和对自己的惩罚。

根据传统观念，国家有大变，天子德行有亏，是要负主要责任，明朝天下大乱，多年不靖，祖陵又被捣毁，天子应当下罪已诏，崇祯倒毫不含糊，罪已诏马上就拟定好了，但下诏之前，大臣的责任也不能不惩。

凤阳巡抚杨一鹏被捉拿下狱，不久斩于西市，守陵太监杨泽被逮后自杀身亡，凤阳巡按御吏吴振缨远戍边卫，朝庭对闯军的攻势也被叫停，崇祯严令曹文诏先剿灭高迎祥等流寇，与闯军暂时议和。

李鸿基当然乐得暂时休整，同意的朝庭和议，双方暂时互不侵犯，李鸿基还提出双方通商，朝庭不得限制物质进入闯军境内的要求，这于这一点朝庭却不同意，朝庭自许天朝上国，所需物品应有尽有，朝庭最拿手的一招就是贸易战，对蒙古和后金莫不如此，经常因为对方的不恭，关停双方的互市，又惹来的对方的抢劫，被迫开市，这一招朝庭玩了数百年，虽然效果不显，朝庭却经常做，如此才能显示朝庭的富有和气派，开市只是对蒙古和后金的恩惠。

如今闯军为叛贼，朝庭万没有和对方交易的道理，否则就会把闯军的地位和原先的番邦等同，朝庭死咬不放，不肯松口。

随着朝庭对闯军的围团，闯军境内各种日用品渐渐稀少起来，许多来自江南的物品不是价格大涨，就是根本没货，闯军此次缴获的数万车财物虽然大大缓解了这种情况，但过不了多久就会重演，长期下去，对闯军的商业自然会大受影响。

难得有这么一次威胁朝庭的机会，闯军自然不会放过，李鸿基数次向朝庭使者提出，若是朝庭不同意互市，他就是同意和朝庭和平共处，他的部下也会怂容他学蒙古人，金人一样率军来抢，到时双方又只能刀兵相见。

崇祯急于剿灭高迎祥报仇，僵持了一月之久，见没有办法，只好照准，曹文诏的大军才能脱身，朝安徽而去。