“关于海军改组方案，本来是两个计划，一是对将领按照资历和年限予以晋升军衔；二是某些将领年岁已高，他们自己也不止一次地提出让贤，这次就准备让他们安度晚年并提拔一些年轻人候补。但经过今天的检阅，特别是方才总统、陆总长和萨次长的意见，我觉得还需要对某些不力将领予以调整，要把年轻英锐提拔到能够让他们大显身手的位置上去……”
改组会议的讨论整整持续了一夜，最终达成了如下方案。
海军司令部，为海军中枢指挥机关。
总司令：萨镇冰上将（国防次长兼，统管海军）
海防总监：程壁光中将（副总参谋长兼，协同统管海军）
海军顾问：谭学衡原清末海军大臣，赋闲后重新出山，不授军衔）
常务副司令：汤芗铭中将（留任）
副司令：吴应科少将（长江舰队署理司令转任，原副司令蓝建枢少将年老退役）
海军参谋长：黄裳治少将（海军后勤部主任转任，原参谋长徐振鹏因不称职而免）
副参谋长：毛仲芳代将（留任，晋升军衔一级）
海军政治部主任：李景曦少将（留任）
副主任：谢葆璋代将（留任，晋升军衔一级）
海军装备部主任：吴纫礼少将（海军研究所所长转任，晋升军衔一级，原主任李和少将年老退役）
副主任：吴德章代将（留任，晋升军衔一级）
海军后勤部主任：刘传绶少将（原海军一级参事转任）
副主任：谢刚哲代将（留任，晋升军衔一级）
海军学院，直属海军政治部。
院长：叶在馥少将（留任，晋升军衔一级）
常务副院长：高平寒代将（留任。晋升军衔一级）
副院长：王桐代将（新任。晋升军衔一级）
教育总监：曹嘉祥代将（原海军部高等参谋转任，谢葆璋不再兼此职）
教育少监：江中清上校（留任，晋升军衔一级）
技术总监：裴复原上校（原秦皇岛副总工程师转任。晋升军衔一级）
技术少监：顾燕逸中校（留任，晋升军衔一级）
训练总监：叶幼峰上校（留任，晋升军衔一级）
训练少监：朱正霖中校（留任，晋升军衔一级）
海军研究所。直属总装备部。
所长：刘冠南代将（原副所长转任，晋升军衔一级）
副所长：黄履川准将（留任）
舰船研究处处长：曾瑞祺代将（留任）
副处长：王伯屏上校（原海军学院技术总监转任）
兵器研究处处长：王齐辰代将（留任）副处长：沈觐宸上校（留任，因主持研制海军航空兵起降设备有功晋升一级）
工程研究处处长：陈恩焘代将（主要负责岸防、要塞工事，晋升军衔一级）
副处长：朱荣上校（留任，晋升军衔一级）
兵员研究处处长：许世芳上校（负责海军将士身体健康、主持海军军医学院工作）
副处长：经亨咸中校（留任，晋升军衔一级）
海洋研究所处长：吴光宗上校（负责海域、海情、海图、气象等）
副处长：林继荫中校（留任，晋升军衔一级）
海军装备部四大直属船厂
江南造船厂厂长：陈兆锵少将（留任，晋升军衔一级）
总工程师：邝国华代将（留任，晋升军衔一级）
兵器工程师：陈杜衡上校（留任。晋升军衔一级）
秦皇岛造船厂厂长：郑清濂少将（留任，晋升军衔一级）
总工程师：曾宗瀛代将（留任。晋升军衔一级）
兵器工程师：郑滋樨上校（留任，晋升军衔一级）
大沽造船厂厂长：吴毓麟代将（留任，晋升军衔一级）
总工程师：寇御麟上校（留任，晋升军衔一级）
兵器工程师：曹树棠中校（留任，晋升军衔一级）
福州造船厂厂长：何品璋代将（原江南厂副厂长转任，晋升军衔一级）
总工程师：任照上校（留任，晋升军衔一级）
兵器工程师：韩孟杰中校（留任，晋升军衔一级）
海军陆战队，直属海军参谋部，准备在营级规模上扩大为团级。
团长：暂时空缺
副团长：陈明礼中校（代理团长职务。主持全团工作。晋升军衔一级）
副团长：周天中校（秦皇岛海军行营守备营营长转任，晋升军衔一级）
参谋长：李晓佟少校（原陆战队参谋长转任。晋升军衔一级）
一营长：吕冰岩少校（原陆战队副营长转任，晋升军衔一级）
二营长：马专若少校（原陆战队副营长转任，晋升军衔一级）
三营长：常婴芮少校（原陆战队副参谋长转任，晋升军衔一级）
炮营营长：华备培少校（原陆战队炮连连长转任，晋升军衔一级）
海军各舰艇编成巡洋舰队、机动舰队、练习舰队、巡防舰队、雷击舰队和运输舰队共六部分。
巡洋舰队辖海圻、海容、海筹、海琛、应瑞、肇和六舰，以海圻为旗舰。
司令：汤芗铭（兼）
第一副司令：吴应科（兼）
常务副司令：葛宝炎代将（练习舰队司令转任，晋升军衔一级）
参谋长：曾兆麟上校（飞鹰舰长转任，晋升军衔一级）
副参谋长：张斌圆中校（新任）
海圻舰长：葛宝炎代将（兼，原舰长汤廷光去职）
副舰长：吴振南上校（楚观舰长转任，晋升军衔一级，原副舰长郑祖怡转任海筹舰长）
海容舰长：林建章上校（副舰长转任、晋升军衔一级。原舰长杜锡撤职）
副舰长：朱天森中校（江利舰长转任。晋升军衔一级）
海筹舰长：郑祖怡上校（海圻副舰长转任，晋升军衔一级，原舰长林颂庄退役）
副舰长：陈世英中校（海琛大副转任。晋升军衔一级，即后世有名之陈季良）
海琛舰长：甘联敖上校（海琛副舰长转任，晋升军衔一级，原舰长林永谟去职）